文献情報
文献番号
201313057A
報告書区分
総括
研究課題名
国際協調に基づく日本人難治がんゲノムデータベースの構築（国際がんゲノムコンソーシアム研究）
課題番号
H25-３次がん-指定-006
研究年度
平成25(2013)年度
研究代表者(所属機関)
柴田 龍弘(独立行政法人 国立がん研究センター 研究所 がんゲノミクス研究分野)
研究分担者(所属機関)
- 油谷浩幸(東京大学先端科学技術センター)
研究区分
厚生労働科学研究費補助金 疾病・障害対策研究分野 第３次対がん総合戦略研究
研究開始年度
平成25(2013)年度
研究終了予定年度
平成25(2013)年度
研究費
136,364,000円
研究者交替、所属機関変更
-
研究報告書（概要版）
研究目的
最新のゲノムシークエンス解析技術を駆使し、日本人に特徴的かつ健康対策上重要な固形がん（肝がん・胆道がん・低分化胃がん）におけるがんゲノム・エピゲノム異常を包括的・統合的に解析し、疫学的因子との関連や新たな治療標的同定を進める。国際がんゲノム解析共同体に参加し、その標準化手順に従ってがんゲノム解析データを公開し、国際貢献を目指す。微小検体解析技術等の新技術開発を進め、新たな分子診断・治療法開発・実用化を目指す。
研究方法
1. がん全エクソンシークエンス
413例の肝がん症例並びに同一患者の非腫瘍肝臓からDNAを抽出し、SureSelectXT Human All Exon V4 Kitを用いて、シークエンス解読を行った。体細胞変異データは、国際がんゲノムコンソーシアムのデータベースに登録し、その情報を公開した。
2. がんトランスクリプトーム解読
KRAS/BRAF変異を有しない胆道がん臨床検体からRNAを抽出し全転写産物のシークエンス解読を行った。
更に発見したFGFR2融合遺伝子をNIH3T3細胞に導入し、軟寒天内コロニー形成や免疫不全マウスへの移植実験によってがん遺伝子としての活性を測定した。樹立した細胞株を用いて、低分子FGFR2阻害剤添加によるin vitroにおける増殖抑制を測定した。
3.がんゲノム情報解析
体細胞塩基置換 を、96種類のマトリックスに分類し、主成分解析、非負値行列因子分解等によって解析し、変異パターンの抽出や、臨床情報との相関について検討を行った。
413例の肝がん症例並びに同一患者の非腫瘍肝臓からDNAを抽出し、SureSelectXT Human All Exon V4 Kitを用いて、シークエンス解読を行った。体細胞変異データは、国際がんゲノムコンソーシアムのデータベースに登録し、その情報を公開した。
2. がんトランスクリプトーム解読
KRAS/BRAF変異を有しない胆道がん臨床検体からRNAを抽出し全転写産物のシークエンス解読を行った。
更に発見したFGFR2融合遺伝子をNIH3T3細胞に導入し、軟寒天内コロニー形成や免疫不全マウスへの移植実験によってがん遺伝子としての活性を測定した。樹立した細胞株を用いて、低分子FGFR2阻害剤添加によるin vitroにおける増殖抑制を測定した。
3.がんゲノム情報解析
体細胞塩基置換 を、96種類のマトリックスに分類し、主成分解析、非負値行列因子分解等によって解析し、変異パターンの抽出や、臨床情報との相関について検討を行った。
結果と考察
日本人肝がん症例413例並びに米国人肝がん症例90例（米国ベイラー医科大学との共同研究）の合計503例について全エクソーム解読を行い、体細胞突然変異、コピー数異常、B型肝炎ウイルスゲノム挿入部位を包括的に同定した。その結果、TERT遺伝子異常（プロモーター変異、遺伝子増幅、TERT遺伝子座へのB型肝炎ウイルスゲノム挿入）を70％以上の症例で認めた。更に全く新しい機能グループとして代謝経路制御分子群 (G6PC, ADH1B等)の異常を発見した。た胆道がんについて、RNAシークエンスを行ない、網羅的な癒合遺伝子探索を行った。その結果、治療標的として有望なFGFR2-AHCYL1, FGFR2-BICC1という新たなキナーゼ融合遺伝子を肝内胆管がんの約15%の症例で同定した。低分化胃がんのゲノム解析に関する予備的検討として30例のエクソーム解析を実施し、更に追加の低分化胃がん57症例についてターゲットシーケンス解析を実施したところ、高頻度 (22/87)で変異を来す新規治療標的分子を同定した。
結論
600例を超える肝がんゲノム解読データからTERT遺伝子を含み、診断・治療法の開発において有望な遺伝子を網羅的に同定することができた。更に分子経路解析等新たな手法によって、肝がんにおける分子ネットワークの解明に一歩近づく事ができた。難治がんである胆道がんにおけるFGFR2融合遺伝子並びに低分化胃がんにおける高頻度新規ゲノム異常の発見は、今後の該当疾患の治療体系を大きく変える可能性がある。
公開日・更新日
公開日
2015-09-02
更新日
-