小児科・産科領域疾患の大規模遺伝子配列解析による病因解明とゲノム解析拠点整備

文献情報

文献番号

201238003A

報告書区分

総括

研究課題名

小児科・産科領域疾患の大規模遺伝子配列解析による病因解明とゲノム解析拠点整備

課題番号

H23-実用化（難病）-一般-003

研究年度

平成24(2012)年度

研究代表者(所属機関)

梅澤　明弘(独立行政法人国立成育医療研究センター　研究所)

研究分担者(所属機関)

深見　真紀(独立行政法人国立成育医療研究センター　分子内分泌研究部)
服部　正平(東京大学大学院新領域創成科学研究科)
松本　健治(独立行政法人国立成育医療研究センター　免疫アレルギー研究部)
小野寺　雅史(独立行政法人国立成育医療研究センター　成育遺伝研究部)
奥山　虎之(独立行英法人国立成育医療研究センター　臨床検査部)
秦　健一郎(独立行政法人国立成育医療研究センター　周産期病態研究部)
東　範行(独立行政法人国立成育医療研究センター　眼科)
藤原　成悦(独立行政法人国立成育医療医研究センター　母児感染研究部)
中村　浩幸(独立行政法人国立成育医療研究センター　小児感染症研究室)
田上　昭人(独立行政法人国立成育医療研究センター　薬剤治療研究部)
高田　修治(独立行政法人国立成育医療研究センター　システム発生・再生医学研究部)
村島　温子(独立行政法人国立成育医療研究センター　母性医療診療部)
中澤　温子(独立行政法人国立成育医療研究センター　臨床診断部)
新関　寛徳(独立行政法人国立成育医療研究センター　皮膚科)
堀川　玲子(独立行政法人国立成育医療研究センター　内分泌・代謝科)
大矢　幸弘(独立行政法人国立成育医療研究センター　アレルギー科)

研究区分

厚生労働科学研究費補助金健康長寿社会実現のためのライフ・イノベーションプロジェクト難病・がん等の疾患分野の医療の実用化研究（難病関係研究分野）

研究開始年度

平成23(2011)年度

研究終了予定年度

平成25(2013)年度

研究費

153,847,000円

研究者交替、所属機関変更

-

研究報告書（概要版）

研究目的

次世代シークエンサー等の大規模配列解析装置を駆使し、小児科・産科領域の難治性疾患や稀少疾患の関連遺伝因子を解明する事を目的とする。多くの小児先天性疾患、異常妊娠は、稀少性に加え、点変異や微細欠失、多因子、de novo変異、エピゲノム変異の背景があると推測され、次世代シークエンサーやマイクロアレイ技術による網羅的配列解析が必須かつ極めて有効と期待される。

研究方法

症例解析と共に、リファレンスデータの取得を進め、データベース運用を進める。次世代シークエンサー等の大規模高速配列解析機器を用い、全ゲノムシークエンス、全エクソンシークエンス、ターゲットリシークエンス、rare SNPsの同定、SNP/CNV解析、網羅的DNAメチル化解析を行う。

結果と考察

次世代シーケンサー・アレイを用いた迅速遺伝子診断システムにより、合計1,450症例のうち特に臨床診断を目的とした約500症例の解析では、25%程度が確定診断に至った。

結論

昨年度に確立したNGSライブラリー作製実験系（エクソーム濃縮ライブラリー・RNA-seqライブラリー）については、自動化・効率化を図り、スループットの大幅向上と微量検体・FFPE由来検体からのライブラリー作製に成功した。また、ゲノム構造解析、エピゲノム解析を指向した複数のNGSライブラリー作製プロトコールを確立した。配列データ量増大に伴いデータ解析の迅速化の必要性が高まる中、リシークエンシング、RNA-seqデータ解析パイプラインを独自に構築した。さらに、エピゲノム研究に向けたアレル別発現解析、DNAメチル化解析パイプラインも構築した。ゲノム解析拠点として、今後もますます増大すると予想されるデータ量に対応すべく、ハードウェアの強化も含め、解析インフラの整備、開発を進める。
　次世代シーケンサー・アレイを用いた迅速遺伝子診断システムにより、これまでに様々な遺伝性疾患を含む合計1,450症例の解析を行い、そのうち特に臨床診断を目的とした約500症例の解析では、25%程度が確定診断に至った。