網羅的統合オミックス解析を用いた難病の原因究明と新規診断・治療法の確立

文献情報

文献番号

201135002A

報告書区分

総括

研究課題名

網羅的統合オミックス解析を用いた難病の原因究明と新規診断・治療法の確立

課題番号

H23-実用化（難病）・一般-002

研究年度

平成23(2011)年度

研究代表者(所属機関)

松田　文彦(京都大学　大学院医学研究科附属ゲノム医学センター)

研究分担者(所属機関)

山田　亮(京都大学　大学院医学研究科附属ゲノム医学センター)
川口　喬久(京都大学　大学院医学研究科附属ゲノム医学センター)
寺尾　知可史(京都大学　大学院医学研究科附属ゲノム医学センター)
佐藤　孝明(株式会社島津製作所　基盤研究所　ライフサイエンス研究所)
松原　謙一(株式会社DNAチップ研究所)

研究区分

厚生労働科学研究費補助金健康長寿社会実現のためのライフ・イノベーションプロジェクト難病・がん等の疾患分野の医療の実用化研究（難病関係研究分野）

研究開始年度

平成23(2011)年度

研究終了予定年度

平成25(2013)年度

研究費

153,847,000円

研究者交替、所属機関変更

-

研究報告書（概要版）

研究目的

ゲノム、代謝物、転写物の網羅的解析を組み合わせた、極めて独創性の高い統合オミックス解析を実施し、疾患の予知、診断、予後予測に加え、治療法の開発や創薬のための情報の統合をおこなう。

研究方法

対照群のオミックス情報の集積を通した各実施項目のフローの最適化と併せて、解析対象疾患の選定と疾患ごとの解析プロトコールの策定と検体の収集、データベースの構築と運用試験、異なるデータセットを総合的に解析する統計学的手法の開発を実施した。

結果と考察

【研究結果】
・疾患の選定
　IgG4関連疾患、HTLV-1関連疾患、混合性結合組織病を含む肺高血圧症を選定した。良性家族性ミオクローヌスてんかんは、他のグループにより疾患関連遺伝子が同定されたので、候補疾患から除外した。
・研究計画策定
　IgG4関連疾患、肺高血圧症の解析プロトコールを策定し、検体収集／臨床情報収集を開始した。HTLV-1関連疾患は、以前からの継続で解析を続行している。また、災害対応計画、事業継続計画の検討に着手した。
・生体試料の分析・解析
　健常者対照群のゲノムスキャン、Exome解析、GC-MSによる網羅的代謝物解析、白血球の転写物解析を開始した。年度末までに、300検体についてゲノムスキャン、代謝物解析、転写物解析が終了した。Exome解析は現在100例超の結果が得られている。
・バイオインフォマティクス
代謝物・転写物の中間形質データベースを新たに構築し、臨床情報データベースは、対象疾患の臨床情報収集プロトコールに応じて既存のものをカスタマイズして構築をほぼ終了した。
・統計遺伝学的解析
対象疾患の臨床情報収集プロトコールに応じ、解析計画の立案を開始した。データの蓄積と共に、適宜検討・改訂を進めている。

【考察】
分析・解析の最適化と得られるデータの扱いに関するシステムの試験的運用と対照群検体を用いた解析に注力した。また疾患別臨床情報データベースの構築と、統合解析のための統計学的手法の開発も実施した。
疾患の解析プロトコールの策定が終了し、また難病研究班との連携体制も構築され、検体・情報の収集が開始された。

結論

事業は、当初の研究計画に沿って非常に順調に進捗している。特に、健常者の統合オミックス情報は、如何なる疾患の解析にも極めて重要な基盤情報で、遺伝子リファレンスライブラリー事業を通して、多くの班で共有できるように公開を進めたい。