文献情報
文献番号
201823032A
報告書区分
総括
研究課題名
全ゲノム情報を用いた腸管出血性大腸菌サーベイランス実用化に関する研究
課題番号
H29-食品-若手-009
研究年度
平成30(2018)年度
研究代表者(所属機関)
李 謙一(国立感染症研究所 細菌第一部)
研究分担者(所属機関)
研究区分
厚生労働科学研究費補助金 健康安全確保総合研究分野 食品の安全確保推進研究
研究開始年度
平成29(2017)年度
研究終了予定年度
平成30(2018)年度
研究費
2,500,000円
研究者交替、所属機関変更
-
研究報告書（概要版）
研究目的
腸管出血性大腸菌（enterohemorrhagic Escherichia coli: EHEC）は、日本において年間3,000名以上の感染者が報告されており、反復塩基型別（MLVA）法などの分子疫学手法でのサーベイランスが行われている。本研究では、このようなEHEC全国サーベイランスの高精度化を目的として行った。そのために、サーベイランスの基盤的情報整備のためにmutSの欠失頻度の測定、同一患者由来株の解析および非メジャー血清群のゲノム解析を行った。
研究方法
SNP解析に影響を与える因子の解析として、EHEC計10株の長期的な保存によるmutS遺伝子等の欠失頻度の測定、および同一患者由来株のSNPおよび保有遺伝子の解析を行った。非メジャー血清群の解析として、O69計10株のWGS解析を行った。
結果と考察
mutSの欠失頻度測定では、室温での1年間の保存において同遺伝子の欠失は認められなかったが、stx遺伝子は最大で16.7%の頻度で脱落していた。同一患者におけるSNP蓄積頻度の推定では、0-７か所のSNPが認められ、既報の塩基置換速度の推定よりも高い値が出ることが示された。O69計10株のWGS解析では、複数のクローナルな集団が見出された。
結論
以上の結果から、WGSを用いたEHECサーベイランスにおける基盤となるような知見が得られたといえる。
公開日・更新日
公開日
2019-12-18
更新日
-