地域蓄積・収集した稀少疾患の系統的原因究明

文献情報

文献番号
201331007A
報告書区分
総括
研究課題名
地域蓄積・収集した稀少疾患の系統的原因究明
課題番号
H23-実用化(難病)-一般-007
研究年度
平成25(2013)年度
研究代表者(所属機関)
吉浦 孝一郎(長崎大学 原爆後障害医療研究所)
研究分担者(所属機関)
-
研究区分
厚生労働科学研究費補助金 健康長寿社会実現のためのライフ・イノベーションプロジェクト 難病・がん等の疾患分野の医療の実用化研究(難病関係研究分野)
研究開始年度
平成23(2011)年度
研究終了予定年度
平成25(2013)年度
研究費
59,500,000円
研究者交替、所属機関変更
-

研究報告書(概要版)

研究報告書(PDF)

文献情報

文献番号
201331007B
報告書区分
総合
研究課題名
地域蓄積・収集した稀少疾患の系統的原因究明
課題番号
H23-実用化(難病)-一般-007
研究年度
平成25(2013)年度
研究代表者(所属機関)
吉浦 孝一郎(長崎大学 原爆後障害医療研究所)
研究分担者(所属機関)
-
研究区分
厚生労働科学研究費補助金 健康長寿社会実現のためのライフ・イノベーションプロジェクト 難病・がん等の疾患分野の医療の実用化研究(難病関係研究分野)
研究開始年度
平成23(2011)年度
研究終了予定年度
平成25(2013)年度
研究者交替、所属機関変更
-

研究報告書(概要版)

研究報告書(PDF)

行政効果報告

文献番号
201331007C

成果

専門的・学術的観点からの成果
次世代型シーケンサー(NGS)を利用してのexome解析法は,ハイブリダイゼーションを基盤にした濃縮法によって患者DNA解析を容易にした。現在の手法で,タンパクコーディング領域の85%以上は正確に塩基配列情報を得ている。原因不明の単一遺伝子疾患の原因変異同定の割合は,高々40%程度であると考えられる。本研究で,UVSSA, Cockayne syndrome, Acrodysostosis, C syndrome, WHIM-like syndrome の新規原因遺伝子を発見した。
臨床的観点からの成果
原因不明稀少疾患症例は,臨床現場からの解析要望は多い。次世代型シーケンサー(NGS)を利用してのexome解析によって,稀少であって1例だけの解析の場合でも,条件が整えば原因変異を同定可能で,患者には絶大な恩恵をもたらし,予後改善,医療に直結することが示された。また,疾患名がある程度推測される場合の迅速遺伝子解析(ほぼ,確定診断を求める場合)では,精度高く,経済的にも効率のよい解析法であることが示された。
ガイドライン等の開発
特になし。
その他行政的観点からの成果
特になし。
その他のインパクト
2012年4月3日,紫外線によるDNA障害の修復に重要な遺伝子(UVSSA)を発見し(荻朋男グループ),新聞等に取り上げられた。本研究は,日焼けと遺伝子,DNA障害と遺伝子といった学術内容を広く一般社会に易しく知らしめる好機となった。

発表件数

原著論文(和文)
4件
原著論文(英文等)
79件
その他論文(和文)
19件
その他論文(英文等)
0件
学会発表(国内学会)
91件
学会発表(国際学会等)
22件
その他成果(特許の出願)
1件
その他成果(特許の取得)
0件
その他成果(施策への反映)
0件
その他成果(普及・啓発活動)
1件
次世代型シーケンサーによる診断の効率,効率化,利用に関する一般公開シンポジウムへの参加

特許

特許の名称
日焼けの原因遺伝子
詳細情報
分類:
特許番号: 特願2011-71082
発明者名: 荻朋男
権利者名: 荻朋男
出願年月日: 20110328
国内外の別: 国内

主な原著論文20編(論文に厚生労働科学研究費の補助を受けたことが明記された論文に限る)

論文に厚生労働科学研究費の補助を受けたことが明記された論文に限ります。

原著論文1
Ganaha A, Kaname T, Yanagi K, et al.
Pathogenic substitution of IVS15+5G>A in SLC26A4 in patients of Okinawa Islands with enlarged vestibular aqueduct syndrome or Pendred syndrome.
J BMC Medical Genetics , 14 , 56-56  (2013)
10.1186/1471-2350-14-56
原著論文2
Woodbine L, Neal JA, Sasi NK, et al.
PRKDC mutations in a SCID patient with profound neurological abnormalities.
The Journal of Clinical Investigation , 123 (7) , 2969-2980  (2013)
10.1172/JCI67349.
原著論文3
Kashiyama K, Nakazawa Y, Pilz D, et al.
Malfunction of Nuclease ERCC1-XPF Results in Diverse Clinical Manifestations and Causes Cockayne Syndrome, Xeroderma Pigmentosum, and Fanconi Anemia.
The American Journal of Human Genetics , 92 (5) , 807-819  (2013)
10.1016/j.ajhg.2013.04.007
原著論文4
Ogi T, Walker S, Stiff T, et al.
Identification of the first ATRIP-deficient patient and novel mutations in ATR define a clinical spectrum for ATR-ATRIP Seckel syndrome.
PLoS Genetics , 8 , e1002945-  (2012)
10.1371/journal.pgen.1002945
原著論文5
Nakazawa Y, Sasaki K, Mitsutake N, et al.
Mutations in UVSSA cause UV-sensitive syndrome and impair RNA polymerase IIo processing in transcription-coupled nucleotide-excision repair.
Nature Genetics , 44 (5) , 586-592  (2012)
10.1038/ng.2229
原著論文6
Miyake N, Koshimizu E, Okamoto N, et al.
MLL2 and KDM6A mutations in patients with Kabuki syndrome.
The American Journal of Medical Genetics, Part A , 161A (9) , 2234-2243  (2012)
doi: 10.1002/ajmg.a.36072
原著論文7
Sasaki K, Mishima H, Miura K,
Uniparental disomy analysis in trios using genome-wide SNP array and whole-genome sequencing data imply segmental uniparental isodisomy in general populations.
Gene , 512 (2) , 267-274  (2013)
10.1016/j.gene.2012.10.035
原著論文8
Higashijima A, Miura K, Mishima H, et al.
Characterization of placenta-specific microRNAs in fetal growth restriction pregnancy.
Prenatal Diagnosis , 33 (3) , 214-222  (2013)
10.1002/pd.4045
原著論文9
Abe S, Miura K, Kinoshita A, et al.
Copy number variation of the antimicrobial-gene, defensin beta 4, is associated with susceptibility to cervical cancer.
Journal of Human Genetics , 58 (5) , 250-253  (2013)
10.1038/jhg.2013.7
原著論文10
Hamaguchi D, Miura K, Abe S, et al.
Initial viral load in cases of single human papillomavirus 16 or 52 persistent infection is associated with progression of later cytopathological findings in the uterine cervix.
Journal of Medical Virology , 85 (12) , 2093-2100  (2013)
10.1002/jmv.23709
原著論文11
Matsuse M, Sasaki K, Nishihara E,
Copy number alteration and uniparental disomy analysis categorizes Japanese papillary thyroid carcinomas into distinct groups.
PLoS One , 7 (4) , e36063-  (2012)
10.1371/journal.pone.0036063
原著論文12
Ono S, Yoshiura K, Kinoshita A, et al.
Mutations in PRRT2 responsible for paroxysmal kinesigenic dyskinesias also cause benign familial infantile convulsions.
Journal of Human Genetics , 57 (5) , 338-341  (2012)
10.1038/jhg.2012.23.
原著論文13
Mishima H, Aerts J, Katayama T, et al.
The Ruby UCSC API: accessing the UCSC genome database using Ruby.
BMC Bioinformatics , 13 , 240-  (2012)
10.1186/1471-2105-13-240
原著論文14
Tsurusaki Y, Okamoto N, Ohashi H, et al.
Mutations affecting components of the SWI/SNF complex cause Coffin-Siris syndrome.
Nature Genetics , 44 (4) , 376-378  (2012)
10.1038/ng.2219
原著論文15
Miura K, Higashijima A, Shimada T, et al.
Clinical application of fetal sex determination using cell-free fetal DNA in pregnant carriers of X-linked genetic disorders.
Journal of Human Genetics , 56 (4) , 296-299  (2011)
10.1038/jhg.2011.7
原著論文16
Oikawa M, Nagayasu T, Yano H, et al.
Intracystic Papillary Carcinoma of Breast Harbors Significant Genomic Alteration Compared with Intracystic Papilloma: Genome-wide Copy Number and LOH Analysis Using High-Density Single-Nucleotide Polymorphism Microarrays.
Breast Journal , 17 (4) , 427-430  (2011)
10.1111/j.1524-4741.2011.01110.x
原著論文17
Hannibal MC, Buckingham KJ, Ng SB, et al.
Spectrum of MLL2 (ALR) mutations in 110 cases of Kabuki syndrome.
The American Journal of Medical Genetics, Part A , 155A (7) , 1511-1516  (2011)
10.1002/ajmg.a.34074
原著論文18
Arima K, Kinoshita A, Mishima H, et al.
An assembly defect due to a PSMB8 mutation reduces proteasome activity and causes autoinflammatory disorder, Nakajo-Nishimura syndrome.
Proceedings National Academy of Science, USA , 108 (36) , 14914-14919  (2011)
10.1073/pnas.1106015108

公開日・更新日

公開日
2019-05-27
更新日
-

収支報告書

文献番号
201331007Z