分野横断型全国コンソーシアムによる先天異常症の遺伝要因の解明と遺伝子診断ネットワークの形成

文献情報

文献番号

201135013A

報告書区分

総括

研究課題名

分野横断型全国コンソーシアムによる先天異常症の遺伝要因の解明と遺伝子診断ネットワークの形成

課題番号

H23-実用化（難病）・一般-013

研究年度

平成23(2011)年度

研究代表者(所属機関)

小崎　健次郎(慶應義塾大学　医学部)

研究分担者(所属機関)

松永　達雄(独立行政法人国立病院機構東京医療センター・臨床研究センター聴覚障害研究室)
金村　米博(独立行政法人国立病院機構大阪医療センター)
小崎　里華(独立行政法人国立成育医療研究センター・器官病態系内科部・遺伝診療科)
工藤　純(慶應義塾大学　医学部)
清水　厚志(慶應義塾大学　医学部)
宮　冬樹(独立行政法人理化学研究所ゲノム医科学研究センター情報解析研究チーム)
黒澤　健司(地方独立行政法人神奈川県立病院機構　神奈川県立こども医療センター遺伝科)
齋藤　伸治(名古屋市立大学大学院医学研究科)
水野　誠司(愛知県心身障害者コロニー中央病院　臨床第一部)
山崎　麻美(独立行政法人国立病院機構大阪医療センター)
岡本　伸彦(地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪府立母子保健総合医療センター　遺伝診療科)
加藤　光広(山形大学医学部附属病院小児科)
仁科　幸子(独立行政法人国立成育医療研究センター感覚器・形態外科部・眼科)
赤松　和土(慶應義塾大学　医学部)
谷口　善仁(慶應義塾大学　医学部)

研究区分

厚生労働科学研究費補助金健康長寿社会実現のためのライフ・イノベーションプロジェクト難病・がん等の疾患分野の医療の実用化研究（難病関係研究分野）

研究開始年度

平成23(2011)年度

研究終了予定年度

平成25(2013)年度

研究費

79,764,000円

研究者交替、所属機関変更

-

研究報告書（概要版）

研究目的

次世代シーケンサーを用いることにより先天異常症の遺伝子診断により原因を特定し、合併症を回避することによって質の高い診療を提供することを目指した。分子遺伝学の専門家および　先天奇形症候群、聴覚障害および視覚障害等の感覚器障害、中枢神経奇形の各分野の専門医により研究班を構成した。初年度は、検体の収集を行うための体制を整備し、解析方法の最適化を行った。適切な倫理的手続きの後、患者検体の集積を進めた。

研究方法

先天奇形症候群、感覚器障害、中枢神経奇形について過去の臨床報告や、分子レベルでの相互作用から推定して提示された遺伝子をリストアップした。既知疾患原因遺伝子が属する分子パスウェイの上流・下流の遺伝子も併せて解析することとした。
(1)超音波破砕機を用い、患者由来ゲノムDNAを断片化し、(2)磁性ビーズを用いて精製、(3)解析対象となる遺伝子領域を次世代シーケンサーを用いて解析した。

結果と考察

先天異常症候群について、~200個の遺伝子、難聴については138遺伝子、先天性中枢神経奇形に対して284遺伝子を含む含む解析系が設計できた。これら遺伝子の解析体制を整備し、患者検体の解析を開始した。300個の程度の対象疾患と関連する可能性のある遺伝子を網羅的に解析する当初の計画のフィージビリティを十分に示す事ができた。次年度は全遺伝子の網羅的解析を行い、新規疾患原因遺伝子の同定に取り組む。

結論

先天奇形症候群、感覚器障害、中枢神経奇形について網羅的に遺伝子診断を行うシステムを開発した。本年度の成果に150から300個の対象疾患と関連する可能性のある多数の遺伝子を網羅的に解析する事が可能であると証明できた。次年度以降は検体入手から変異解析までを速やかに行うためのパイプラインの改良を進めると共に、現在、原因が不明であるが遺伝性疾患が疑われる患者群の解析に応用する。