文献情報
文献番号
201123015A
報告書区分
総括
研究課題名
動物由来クラミジアの自然界における存在様式の解明－比較ゲノム解析及び種特異的診断法の開発と実態調査
課題番号
H21-新興・若手-014
研究年度
平成23(2011)年度
研究代表者(所属機関)
大屋 賢司(国立大学法人 岐阜大学 応用生物科学部)
研究分担者(所属機関)
- 福士 秀人(国立大学法人 岐阜大学 応用生物科学部 )
研究区分
厚生労働科学研究費補助金 疾病・障害対策研究分野 新型インフルエンザ等新興・再興感染症研究
研究開始年度
平成21(2009)年度
研究終了予定年度
平成23(2011)年度
研究費
7,128,000円
研究者交替、所属機関変更
-
研究報告書（概要版）
研究目的
オウム病クラミジアChlamydophila psittaciを始めとした、人獣共通感染症の原因となりうる動物由来クラミジアを対象とする。
1)動物由来クラミジアの遺伝子・血清診断法を開発する。
2)動物由来クラミジアの比較ゲノム解析により、種特異的診断法開発・自然界における存在様式解明のための技術基盤とする。
3)鳥類を始めとした野生・飼育動物における実態調査を行う。
1)動物由来クラミジアの遺伝子・血清診断法を開発する。
2)動物由来クラミジアの比較ゲノム解析により、種特異的診断法開発・自然界における存在様式解明のための技術基盤とする。
3)鳥類を始めとした野生・飼育動物における実態調査を行う。
研究方法
1.解読したMat116株配列を元に比較ゲノムの手法により設計した、クラミジア鑑別用のmultiplex PCR法、LAMP法の評価を行った。
2.これまでに樹立した検出系を用いて、鳥類133検体におけるクラミジア保有率の実態調査を行った。
3.精製クラミジアEB、クラミジア感染細胞よりRNAを調製し、クラミジアmRNAの、次世代シーケンサーを用いたRNA-seqを行った。
2.これまでに樹立した検出系を用いて、鳥類133検体におけるクラミジア保有率の実態調査を行った。
3.精製クラミジアEB、クラミジア感染細胞よりRNAを調製し、クラミジアmRNAの、次世代シーケンサーを用いたRNA-seqを行った。
結果と考察
1.multiplex PCRは３種のクラミジアを同時に鑑別可能であった。
2.感度・特異性・簡便性に優れたC. psittaci検出用LAMPを樹立することができた。
3.鳥類におけるクラミジア保有率は約10.5%であった。
4.国内繁殖鳥では、輸入鳥に比べて陽性率が低い傾向が認められた。
5.RNA-seqにより精製EB、感染細胞それぞれからクラミジア由来RNAのリードを得ることができた。
6.C.psittaci近縁他種株の配列解析を引き続き行った。
2.感度・特異性・簡便性に優れたC. psittaci検出用LAMPを樹立することができた。
3.鳥類におけるクラミジア保有率は約10.5%であった。
4.国内繁殖鳥では、輸入鳥に比べて陽性率が低い傾向が認められた。
5.RNA-seqにより精製EB、感染細胞それぞれからクラミジア由来RNAのリードを得ることができた。
6.C.psittaci近縁他種株の配列解析を引き続き行った。
結論
1.解読したゲノム配列情報を利用して以下の遺伝子検査系を樹立した。
a.動物クラミジアを鑑別可能なmultiplex PCR
b.C.psittaci種特異的なLAMP法
2.開発した診断法を用いた実態調査を継続中である。
3.本研究開始以前の調査よりも、国内繁殖鳥の陽性率が低下していた。
4.国内で検出されるC. psittaciは特有の遺伝子型に偏っているわけではないことが明らかとなった。
5.クラミジアのRNA-seqのデータのみならず、技術的な課題も明らかとなった。
6.C.psittaci近縁他種株の配列解析を引き続き行った。
a.動物クラミジアを鑑別可能なmultiplex PCR
b.C.psittaci種特異的なLAMP法
2.開発した診断法を用いた実態調査を継続中である。
3.本研究開始以前の調査よりも、国内繁殖鳥の陽性率が低下していた。
4.国内で検出されるC. psittaciは特有の遺伝子型に偏っているわけではないことが明らかとなった。
5.クラミジアのRNA-seqのデータのみならず、技術的な課題も明らかとなった。
6.C.psittaci近縁他種株の配列解析を引き続き行った。
公開日・更新日
公開日
2012-06-28
更新日
-