ロングリードシークエンサーによる集団感染調査手法の確立

文献情報

文献番号

202323056A

報告書区分

総括

研究課題名

ロングリードシークエンサーによる集団感染調査手法の確立

研究課題名（英字）

課題番号

23KA3005

研究年度

令和5(2023)年度

研究代表者(所属機関)

李　謙一(国立感染症研究所　細菌第一部)

研究分担者(所属機関)

研究区分

厚生労働科学研究費補助金健康安全確保総合研究分野食品の安全確保推進研究

研究開始年度

令和5(2023)年度

研究終了予定年度

令和7(2025)年度

研究費

2,600,000円

研究者交替、所属機関変更

研究報告書（概要版）

研究目的

病原細菌の集団感染調査に、Oxford Nanopore社のロングリードシークエンサーを用いるための、解析条件の検討およびプログラム構築を行う。さらに、腸管出血性大腸菌（enterohemorrhagic Escherichia coli：EHEC）を対象に、同一由来株であるかの判断基準を明らかにするために、複数の集団感染事例において単一塩基多型解析を行う。

研究方法

2021年および2022年に分離されたEHECのうち、5株以上が分離された集団感染事例から20件計102株の解析株を決定した。本年度はそのうち約半数の48株について、ロングリードおよびショートリードによるWGS解読を行った。

結果と考察

2021年および2022年に分離されたEHECのうち、5株以上が分離された集団感染事例のうち、20事例、102株を解析対象とした。本年度はこのうち、約半数の株（48株）についてショートリードおよびロングリードによるWGS解読を行った。複数のDNA抽出法およびライブラリー調整キットを用いた検討の結果、自動DNA抽出装置およびRapid Barcoding Kitを用いた際に最も長いリード長、自動DNA抽出装置およびをNative Barcoding Kit用いた際に最も多いデータ量が得られた。カラム抽出キットおよびRapid Barcoding Kitを用いた際には、両者の中間的な値が得られた。

結論

地方自治体でも広く使われているカラム抽出キットおよびRapid Barcoding Kitによって、十分なデータ量が取得可能であることが明らかとなった。