文献情報
文献番号
200606032A
報告書区分
総括
研究課題名
疾患関連タンパク解析手法の比較検討と追加手法の検討
課題番号
H18-特別-指定-036
研究年度
平成18(2006)年度
研究代表者(所属機関)
平野 久(横浜市立大学大学院 国際総合科学研究科)
研究分担者(所属機関)
- 中山 敬一(九州大学生体防御医学研究所)
- 山田 哲司(国立がんセンター研究所化学療法部・腫瘍プロテオミクスプロジェクト)
- 金子 勲(ヒューマンサイエンス振興財団（創薬プロテオームファクトリー施設）)
研究区分
厚生労働科学研究費補助金 行政政策研究分野 厚生労働科学特別研究
研究開始年度
平成18(2006)年度
研究終了予定年度
平成18(2006)年度
研究費
4,800,000円
研究者交替、所属機関変更
-
研究報告書（概要版）
研究目的
質量分析やその周辺技術が発達し、cICAT法だけでなく、iTRAQ 法やSELDI法、ショットガン法なども疾患関連タンパク質の効率的な検出・同定に利用できる可能性が出てきた。本研究では、iTRAQ法やSELDI法などを用いて市販の健常人血清を分析し、各々の方法の利点と欠点を明らかにする。
研究方法
ヒト血清タンパク質をcICAT試薬で標識し、酵素消化した。消化物中の標識されたペプチドを精製し、LC ESI-Q/TOF MSで分析した。また、血清タンパク質を酵素消化し、生じたペプチドをiTRAQ試薬で標識した後、2 D-LCによって分離し、ESI-Q/TOF MS、ESI-LIT/TOF MS、MALDI-TOF/TOF MSによって分析した。一方、血清タンパク質をプロテインチップに固定化し、SELDI法により分析した。
結果と考察
cICAT法よりiTRAQ法の方が多数のタンパク質を同定・定量できた。再現性や誤差には差がなかった。スループットはiTRAQ法の方が3-10倍高かった。iTRAQ法では、MSの種類によって検出・同定できたタンパク質数に差はなかったが、cICATとiTRAQ法、LC-MALDIとLC-ESIの間には検出されるタンパク質の種類にかなり違いが見られた。疾患関連タンパク質をより網羅的に検出するためには、同じ試料を異なる方法を用いて分析することが重要であろう。一方、Q-TOF MSを用いたSELDI法によって再現性よく多数のタンパク質を検出し、定量できることが明らかになった。SELDI法は、アミノ酸配列を決定できないので、タンパク質の同定は容易でないが、同位体標識やプロテアーゼ消化を必要としないため、迅速な分析が可能であるので短期間の分析に適している。
結論
多数の血清タンパク質の同定・定量をハイスループットで行う場合、iTRAQ法がcICAT法より優れている。iTRAQ法では、MSの種類によって同定・定量できるタンパク質数に差がないが、種類はかなり異なる。Q-TOF MSを用いたSELDI法によって再現性よく多数のタンパク質に相当するペプチドピークを検出・定量できる。SELDI法は迅速な分析に適している。創薬プロテオームファクトリーには、各種MSが装備されている。また、cICAT、iTRAQ、SELDIなどの手法を利用できる環境がある。この優位性を生かして今後、研究を遂行することが望まれる。
公開日・更新日
公開日
2007-04-17
更新日
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