文献情報
文献番号
201135005A
報告書区分
総括
研究課題名
遺伝性難治疾患の網羅的エクソーム解析拠点の構築
課題番号
H23-実用化（難病）・一般-005
研究年度
平成23(2011)年度
研究代表者(所属機関)
松本 直通(横浜市立大学 医学研究科 環境分子医科学教室)
研究分担者(所属機関)
- 池川 志郎(理化学研究所ゲノム医科学研究ｾﾝﾀｰ)
- 高橋 篤(理化学研究所ゲノム医科学研究ｾﾝﾀｰ)
- 福嶋 義光(信州大学 医学部 遺伝医学予防医学講座)
研究区分
厚生労働科学研究費補助金 健康長寿社会実現のためのライフ・イノベーションプロジェクト 難病・がん等の疾患分野の医療の実用化研究（難病関係研究分野）
研究開始年度
平成23(2011)年度
研究終了予定年度
平成25(2013)年度
研究費
153,847,000円
研究者交替、所属機関変更
-
研究報告書（概要版）
研究目的
本研究は、特に遺伝性難治疾患を対象に、網羅的全エクソーム解析により原因遺伝子を解明することを目的とする。遺伝性難治疾患の原因遺伝子解明は、低頻度で孤発例が多く従来型の連鎖解析が適応できない、責任遺伝子の点変異が原因の場合も多くマイクロアレー解析が有用でないなど技術的な壁が存在した。次世代シーケンス解析は点変異から染色体微細欠失まであらゆるゲノム上の変化の検出が可能で、遺伝性難治疾患の解明が一気に進むと考えられる。
研究方法
本年度は、高出力次世代シーケンサーの導入と多サンプル処理用エクソームロボットを導入し、次世代シーケンス拠点としての環境を整備した。遺伝性難治疾患を中心に症例を集積し、ゲノムDNAをin-solutionハイブリ法で全エクソン領域を集積し100 bpのペアエンドリード法で1サンプルあたり8-10 Gb程度のシーケンスを算出する。解析法はMAQ, BWA, Novoalign等でアラインメントをかけ種々のフィルターを検討しベストな変異絞り込み戦略を策定する。
結果と考察
本年度はMAQ/NextGENe法の共通変異絞り込み法で、X連鎖性白質ディストロフィー（J Med Genet 2011）、X連鎖性白質脳症（Clin Genet 2011）、常染色体劣性遺伝性脊髄小脳変性症（Am J Hum Genet 2011）、びまん性大脳白質形成不全症（Am J Hum Genet 2012）、解離性大動脈瘤（Hum Genet in press）、Coffin-Siris症候群（投稿中）等の原因が明らかになった。
結論
メンデル遺伝性疾患を解析対象にした次世代シーケンス拠点として環境整備を進めるとともにエクソーム解析において複数の原因未解明の疾患において責任遺伝子を単離した。さらに情報解析系でも大量解析系にも対応できる効率的・効果的解析系を確立できた。
公開日・更新日
公開日
2012-05-25
更新日
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