ゲノム網羅的関連解析の大規模メタ解析を基礎としたcommon diseaseのテーラーメード医療実用化に関する研究

文献情報

文献番号

201107011A

報告書区分

総括

研究課題名

ゲノム網羅的関連解析の大規模メタ解析を基礎としたcommon diseaseのテーラーメード医療実用化に関する研究

課題番号

H23-バイオ・一般-005

研究年度

平成23(2011)年度

研究代表者(所属機関)

桃原　茂樹(東京女子医科大学　医学部)

研究分担者(所属機関)

山中　寿(東京女子医科大学　医学部)
山本　一彦(理化学研究所　ゲノム医科学研究センター)
三森　経世(京都大学大学院　医学研究科)
松田　文彦(京都大学大学院　医学研究科)
山田　亮(京都大学大学院　医学研究科)

研究区分

厚生労働科学研究費補助金厚生科学基盤研究分野創薬基盤推進研究(創薬バイオマーカー探索研究)

研究開始年度

平成23(2011)年度

研究終了予定年度

平成25(2013)年度

研究費

28,500,000円

研究者交替、所属機関変更

-

研究報告書（概要版）

研究目的

関節リウマチ（RA）は国内患者数が最多（約80万人）の自己免疫疾患であり、社会的逸失利益の大きい疾患である。本研究課題の目的はRAをモデルケースとしてcommon diseaseのテーラーメード医療を実現化させることである。

研究方法

本研究目的を達成するため、これまで独立してRA関連遺伝子に関するGWASを行ってきた国内の主要研究機関（理化学研究所、京都大学、東京女子医科大学）を結集して学術コンソーシアムを組織した。まず各機関で行ったGWASデータ（discovery set:患者計4,074名、対照計16,891名）をHapMap Phase IIをreferenceとしてiｍputationを行って統合可能な状態に整え、ロジスティック回帰/線形回帰分析を行った後、Inverse-variance法によるメタ解析を実施する。上位のSNPについてTaqMan法を用いて追認解析（replication set:患者計5,277名、対照計21,684名）を行い、日本人における疾患感受性遺伝子多型を包括的に同定する。

結果と考察

GWASメタ解析の結果7領域でゲノムワイド水準をクリアした。次いで、P < 5.0 × 10－4を示した領域のうち既知の疾患感受性領域を除く47遺伝子領域について、追認解析を行い、最終的に9つのRAの新規疾患感受性遺伝子を含む23遺伝子領域で疾患感受性との関連を確認し、日本人における比較的頻度の高い疾患感受性遺伝子多型を包括的に同定した。
今回の大規模なGWASメタ解析により比較的頻度の高い遺伝子型のうち主要なもの（オッズ比1.1?1.2程度以上）についてはほぼ同定したと考えている。ただし疾患と関連する遺伝子多型には頻度が低いものもあり、平成24年度の目標を頻度の低いrare alleleの包括的なアプローチによる網羅的な同定としている。

結論

日本人の関節リウマチにおけるこれまでにない大規模なGWASメタ解析を行い、既報告の関連を追認するとともに、複数の新規感受性遺伝子領域を同定した。当初の研究計画通りに研究が進行しており、計画初年度の研究成果としては目覚しい成果であったと考えている。