文献情報
文献番号
200500958A
報告書区分
総括
研究課題名
プロテインチップ、DNAマイクロアレイ等の新しい技術を用いた診断法の有用性とその評価手法に関する研究
課題番号
H16-創薬-065
研究年度
平成17(2005)年度
研究代表者(所属機関)
鈴木 孝昌(国立医薬品食品衛生研究所遺伝子細胞医薬部)
研究分担者(所属機関)
- 伊勢 伸之(富士レビオ株式会社)
- 牛澤 幸司(第一化学薬品株式会社)
研究区分
厚生労働科学研究費補助金 健康安全確保総合研究分野 創薬等ヒューマンサイエンス総合研究
研究開始年度
平成16(2004)年度
研究終了予定年度
平成17(2005)年度
研究費
4,600,000円
研究者交替、所属機関変更
-
研究報告書(概要版)
研究目的
ゲノム情報を利用した新しい解析手法としてのDNAマイクロアレイやプロテインチップなどを診断手法として利用するには、用いるアレイやチップの品質の恒常性をどのように担保するか、また診断指標としての有効性をどのように評価するか等、今までにない視点に立った評価が求められる。本研究では、これらの有効利用に関して検討を行うとともに、それらを用いた臨床診断におけるデータ評価法および判定基準の確立をめざす。
研究方法
Human Mapping 10K 2.0 Array (Affymetrix)を用い、SNP判定を行うとともに、LOH領域を判定した。さらに、シグナル強度の解析により、CGH法としての応用を検討した。
電流検出型DNAチップを用いたHPVの遺伝子型判定のため、13種のHPV遺伝子型判定に対応するマルチプレックスのLAMP法による増幅を検討し、子宮頸部より採取されたHPV遺伝子を含む試料を用い有効性を検討した。
抗体を用いたプロテインチップに関する検討においては、反応平衡論的な理論計算式の作成及び実験による検証を行い、理論計算式を用いて感度限界に関する考察を行った。さらに、抗体作製方法としてDNA免疫法に関して検討を行った。
電流検出型DNAチップを用いたHPVの遺伝子型判定のため、13種のHPV遺伝子型判定に対応するマルチプレックスのLAMP法による増幅を検討し、子宮頸部より採取されたHPV遺伝子を含む試料を用い有効性を検討した。
抗体を用いたプロテインチップに関する検討においては、反応平衡論的な理論計算式の作成及び実験による検証を行い、理論計算式を用いて感度限界に関する考察を行った。さらに、抗体作製方法としてDNA免疫法に関して検討を行った。
結果と考察
SNP検出用GeneChipは網羅的なSNP検出系としてデータの信頼性も高く、有用である事がわかった。また、シグナル強度から染色体コピー数の算出も可能であり、より詳細なCGH法としても有用であることが明らかになった。さらに、LOHを簡便に検出でき、他の方法では検出が難しかったuni-parental disomyを検出できた。
電流検出型DNAチップを用いたHPVの遺伝子型判定について臨床検体を用いて検討を行った結果、本HPV検出系は、DNAマイクロアレイを原理とする診断手法の判定基準作りおよびその妥当性を検証する具体的なケースとして臨床応用可能な系であると考えられた。
抗体を用いたプロテインチップに関する検討においては、理論反応式による抗原抗体反応シミュレーションと、実際に構築したイムノアッセイ系による検証を行い、反応場の固相抗体量と感度との相関を厳密に評価し、高感度プロテインチップ構築の必要条件の確認を行った。また、DNA免疫法が通常の蛋白質免疫法よりも一桁から二桁以上高アフィニティーの抗体を取得し得る方法であることが確認された。
電流検出型DNAチップを用いたHPVの遺伝子型判定について臨床検体を用いて検討を行った結果、本HPV検出系は、DNAマイクロアレイを原理とする診断手法の判定基準作りおよびその妥当性を検証する具体的なケースとして臨床応用可能な系であると考えられた。
抗体を用いたプロテインチップに関する検討においては、理論反応式による抗原抗体反応シミュレーションと、実際に構築したイムノアッセイ系による検証を行い、反応場の固相抗体量と感度との相関を厳密に評価し、高感度プロテインチップ構築の必要条件の確認を行った。また、DNA免疫法が通常の蛋白質免疫法よりも一桁から二桁以上高アフィニティーの抗体を取得し得る方法であることが確認された。
結論
各種のDNAマイクロアレイおよび抗体アレイを用いた検討において、これらを臨床診断として用いる際の基本的な要件に関して理解が深まった。
公開日・更新日
公開日
2006-04-12
更新日
-